The analytical philosophy of the last hundred years has been heavily influenced by a doctrine to the effect that the key to the correct understanding of reality is captured syntactically in the ‘Fa’ (or, in more sophisticated versions, in the ‘Rab’) of standard first order predicate logic. Here ‘F’ stands for what is general in reality and ‘a’ for what is individual. Hence “f(a)ntology”. Because predicate logic has exactly two syntactically different kinds of referring expressions—‘F’, ‘G’, ‘R’, etc., and ‘a’, (...) ‘b’, ‘c’, etc.—so reality must consist of exactly two correspondingly different kinds of entity: the general (properties, concepts) and the particular (things, objects). We describe the historical influence of this view, and also show how standard first-order predicate logic can be used for the logical formalization of a more adequate “six category ontology”, which recognizes, at the level of both particulars and universals, not only things or objects but also events and qualities. (shrink)

Recent work in formal philosophy has concentrated over-whelmingly on the logical problems pertaining to epistemic shortfall - which is to say on the various ways in which partial and sometimes incorrect information may be stored and processed. A directly depicting language, in contrast, would reflect a condition of epistemic perfection. It would enable us to construct representations not of our knowledge but of the structures of reality itself, in much the way that chemical diagrams allow the representation (at a certain (...) level of abstractness) of the structures of molecules of different sorts. A diagram of such a language would be true if that which it sets out to depict exists in reality, i.e. if the structural relations between the names (and other bits and pieces in the diagram) map structural relations among the corresponding objects in the world. Otherwise it would be false. All of this should, of course, be perfectly familiar. (See, for example, Aristotle, Metaphysics, 1027 b 22, 1051 b 32ff.) The present paper seeks to go further than its predecessors, however, in offering a detailed account of the syntax of a working universal characteristic and of the ways in which it might be used. (shrink)

The fact that there is such a thing as a degree of formedness [Gestaltung], that every Gestalt has a certain Gestalt level, is of fundamental significance. A rose is a Gestalt of higher level than a heap of sand: this we recognize just as immediately as that red is a fuller, more lively colour than grey. The higher Gestalten are distinguished further from the lower by the fact that the product of unity and multiplicity [Einheit und Mannigfaltigkeit] is in their (...) case greater. (shrink)

The theory of Gestalt qualities arose from the attempt to explain how a melody is distinct from the collection of the tones which it comprehends. In this essay from 1890 Christian von Ehrenfels coined the term 'Gestaltqualität' to capture the idea of a pattern which is comprehensible in a single experience. This idea can be applied not only to melodies and other occurrent patterns, but also to continuant patterns such as shapes and colour arrays such as the array of a (...) chess board. Ehrenfel's essay gave birth to the Gestalt movement in psychology. (shrink)

Do mountains exist? The answer to this question is surely: yes. In fact, ‘mountain’ is the example of a kind of geographic feature or thing most commonly cited by English speakers (Mark, et al., 1999; Smith and Mark 2001), and this result may hold across many languages and cultures. But whether they are considered as individuals (tokens) or as kinds (types), mountains do not exist in quite the same unequivocal sense as do such prototypical everyday objects as chairs or people.

This is a revised version of the introductory essay in C. Eschenbach, C. Habel and B. Smith (eds.), Topological Foundations of Cognitive Science, Hamburg: Graduiertenkolleg Kognitionswissenschaft, 1994, the text of a talk delivered at the First International Summer Institute in Cognitive Science in Buffalo in July 1994.

Die Entwicklung der Philosophie in Österreich unterscheidet sich in markanter Weise von der Hauptlinie der philosophischen Entwicklung in Deutschland. Dabei fällt bei der österreichischen Philosophie vor allem die konsequente Orientierung an den Wissenschaften auf. In der philosophiegeschichtlichen Forschung sind für diese Besonderheit der österreichischen Philosophie z. B. von Otto Neurath, Rudolf Haller, Friedrich Stadier und J.C. Nyiri verschiedene Erklärungen vorgeschlagen worden. In diesen spielen in jeweils unterschiedlicher Weise Faktoren der spezifisch österreichischen Entwicklungen in historischer, institutioneller, politischer und religiöser Hinsicht eine (...) Rolle. Der vorliegende Aufsatz kritisiert demgegenüber bereits die diese Erklärungsversuche tragende Fragestellung: Die philosophischen Entwicklungen in Österreich bedürfen - so lautet die neue These - gar nicht einer besonderen Erklärung; denn sie stellen den geistesgeschichtlichen Normalfall dar. Vielmehr ist eine Erklärung dafür notwendig, daß sich die wissenschaftliche Philosophie und die mit ihr verbundenen Charakterzüge stilistischer Klarheit, technischer Kompetenz, systematischer Orientierung, Spezialisierung und Professionalisierung im gleichen Zeitraum nicht auch in Deutschland entwickelt haben. Eine solche Erklärung läßt sich - so eine weitere These des Aufsatzes - ziemlich leicht aus der besonderen Rolle der (traditionellen idealistischen) Philosophie im deutschen Nationalbewußtsein herleiten. (shrink)

In der klassischen Logik von Aristoteles bis Wolff findet sich eine durchgängige Parallelität von logischen (einschließlich grammatikalischen und psychologischen) und ontologischen Gebilden. Der Logiker beschäftigt sich mit Subjekt und Prädikat, aber gleichzeitig auch z.B. mit Substanz und Akzidenz als Entitäten in der Welt. Nach Kant begann für die Logik eine Phase, in der diese ontologische oder objektbezogene Seite verloren ging. Gegen Ende des 19. Jahrhunderts beginnt man dann aber wieder über die ontologischen Korrelate des Denkens und des Urteilens zu sprechen. (...) Wir zeigen, dass diese Wiederbelebung der alten Logik mit der Einführung des Terminus ‘Sachverhalt’ in die Sprache der Philosophie verbunden ist. (shrink)

In what respects is Western civilization superior or inferior to its rivals? In raising this question we are addressing a particularly strong form of the problem of relativism. For in order to compare civilizations one with another we would need to be in possession of a framework that is neutral and objective, a framework based on principles of evaluation which would be acceptable, in principle, to all human beings. Morality will surely provide one axis of such a framework (and we (...) note in passing that believers in Islam might quite reasonably claim that their fellow-believers are characteristically more moral than are many in the West). Criteria such as material wellbeing, too, will need to play a role, as also will happiness or pleasure (and again we note that it is not clear a priori that there is more happiness in the West than there is among the citizens of other civilizations). Since, however, these axes of evaluation do not run in tandem, we cannot expect to be able to formulate some single criterion which would enable us to rank civilizations in a simple unilinear order. Even happiness (pace some proponents of the utilitarian philosophy) comes in different types, and to count in the civilization stakes the happiness involved would presumably need to be of the right kind. Thus it is not clear that happiness derived from, say, taking drugs or torturing small animals is going to be able to count in favor of a civilization as much as, say, happiness derived from reading poetry or planting corn. Hence, for these and other reasons, we will have to deal with a multidimensional framework, in which some civilizations may excel along some axes but do badly on others. A further problem turns on the fact that there is no such relation as better than. Rather, when A is better than B then this is always in some respect C. Yet even when we compare one thing with another in some given respect we are not always dealing with a simple linear order. This is because the relation ‘being better than in respect C’ is not in every case transitive.. (shrink)

Die klassische bikategoriale Ontologie von Substanzen und Akzidentien ist für die Festlegung der Strukturen menschlichen und tierischen Verhaltens nicht hinreichend, da die Umwelten dieses Verhaltens sich nicht in dieses klassische System einfügen. Wir bieten dementsprechend den Grundriß einer Theorie der besonderen Gebilde, die die Alltagswelten menschlicher und tierischer Verhalten konstituieren. Die Ausgangsüberlegung ist die folgende, Wir sind alle (Schau)spieler, und diese brauchen eine Bühne. Unsere Bühne ist die jeweilige Umwelt, in der wir leben und handeln. Der Terminus ‘Umwelt’ wird hierbei (...) in Analogie zu Husserls Begriff der Lebenswelt verwendet. Er bezeichnet dementsprechend einen strukturierten Teil der Welt, in den sich ein Lebewesen, z.B. ein Mensch, einpaßt. Die Umwelt ist, wenn man so will, demnach die Bühne, auf welcher sich unser Verhalten abspielt. Der Versuch, das Wesen solcher Umwelten ontologisch festzulegen, bringt allerdings ein schwieriges Problem mit sich - ein Problem so alt wie Platons Höhlengleichnis und so neu wie gegenwärtige Reflexionen amerikanischer Philosophen zur Metaphysik der virtuellen Realität und zum Gedankenexperiment des Gehirns im Tank. Es gibt nämlich in manchen Fällen grobe Inkonsistenzen zwischen (1) der Umwelt, wie wir sie uns gerade vorstellen, und (2) der Umwelt als Bestandteil der wirklichen Welt. Das Problem, zwischen diesen beiden Umweltklassen einen Ausgleich zu finden, wird im letzten Teil des Aufsatzes behandelt. (shrink)

We have a variety of different ways of dividing up, classifying, mapping, sorting and listing the objects in reality. The theory of granular partitions presented here seeks to provide a general and unified basis for understanding such phenomena in formal terms that is more realistic than existing alternatives. Our theory has two orthogonal parts: the first is a theory of classification; it provides an account of partitions as cells and subcells; the second is a theory of reference or intentionality; it (...) provides an account of how cells and subcells relate to objects in reality. We define a notion of well-formedness for partitions, and we give an account of what it means for a partition to project onto objects in reality. We continue by classifying partitions along three axes: (a) in terms of the degree of correspondence between partition cells and objects in reality; (b) in terms of the degree to which a partition represents the mereological structure of the domain it is projected onto; and (c) in terms of the degree of completeness with which a partition represents this domain. (shrink)

It is argued that medical science requires a classificatory system that (a) puts functions in the taxonomic center and (b) does justice ontologically to the difference between the processes which are the realizations of functions and the objects which are their bearers. We propose formulae for constructing such a system and describe some of its benefits. The arguments are general enough to be of interest to all the life sciences.

In this paper we introduce the nascent literature on Moral Uncertainty Theory and explore its application to the criminal law. Moral Uncertainty Theory seeks to address the question of what we ought to do when we are uncertain about what to do because we are torn between rival moral theories. For instance, we may have some credence in one theory that tells us to do A but also in another that tells us to do B. We examine how we might (...) decide whether or not to criminalize some conduct when we are unsure as to whether or not the conduct is morally permitted, and whether or not it is permissible to criminalize the conduct. We also look at how we might make sentencing decisions under moral uncertainty. We argue that Moral Uncertainty Theory can be an illuminating way to address these questions, but find that doing so is a lot more complicated than applying Moral Uncertainty Theory to individual conduct. (shrink)

It is argued that medical science requires a classificatory system that (a) puts functions in the taxonomic center and (b) does justice ontologically to the difference between the processes which are the realizations of functions and the objects which are their bearers. We propose formulae for constructing such a system and describe some of its benefits. The arguments are general enough to be of interest to all the life sciences.

Ontological realism aims at the development of high quality ontologies that faithfully represent what is general in reality and to use these ontologies to render heterogeneous data collections comparable. To achieve this second goal for clinical research datasets presupposes not merely (1) that the requisite ontologies already exist, but also (2) that the datasets in question are faithful to reality in the dual sense that (a) they denote only particulars and relationships between particulars that do in fact exist and (b) (...) they do this in terms of the types and type-level relationships described in these ontologies. While much attention has been devoted to (1), work on (2), which is the topic of this paper, is comparatively rare. Using Referent Tracking as basis, we describe a technical data wrangling strategy which consists in creating for each dataset a template that, when applied to each particular record in the dataset, leads to the generation of a collection of Referent Tracking Tuples (RTT) built out of unique identifiers for the entities described by means of the data items in the record. The proposed strategy is based on (i) the distinction between data and what data are about, and (ii) the explicit descriptions of portions of reality which RTTs provide and which range not only over the particulars described by data items in a dataset, but also over these data items themselves. This last feature allows us to describe particulars that are only implicitly referred to by the dataset; to provide information about correspondences between data items in a dataset; and to assert which data items are unjustifiably or redundantly present in or absent from the dataset. The approach has been tested on a dataset collected from patients seeking treatment for orofacial pain at two German universities and made available for the NIDCR-funded OPMQoL project. (shrink)

Philosophy with children often focuses on abstract reasoning skills, but as David Bohm points out the “entire process of mind” consists of our abstract thought as well as our “tacit, concrete process of thought.” Philosophy with children should address the “entire process of mind.” Our tacit, concrete process of thought refers to the process of thought that involves our actions such as the process of thought that goes into riding a bicycle. Bohm contends that we need to develop an awareness (...) or proprioception of thinking as well. When Socrates enters into dialogue with his interlocutors, he shows the limitations of purely abstract thought by leading them to admit that they really “don’t know.” But, of course, they know. We know what bravery is or what love is, even though we can never “explain” these concepts in abstract terms. Life has taught us through experience what these concepts mean and we have developed an understanding of them. We can recognize when a person acts bravely. This is where I see the link between our tacit, concrete process of thought and emotional intelligence. We need emotional intelligence to learn how to be brave, to learn how to love, and be just in the way we act in the world. Knowing what justice is abstractly does not make us act justly. We have to develop awareness of our actions in order to develop the skills necessary to act the part. This is also where emotional intelligence comes in. In the bulletin of the play Romeo and Juliet, director Barry Edelstein wrote the following: “To perform Romeo and Juliet, actors need a series of skills… they must have the emotional and psychological awareness and openness of uncommon depth; they must listen with acuteness, they must possess an imagination of real suppleness and subtlety…” An abstract portrayal would not bring these characters to life. We can surely agree – abstractly – that racism is destructive, but still act racist, without being even slightly aware of it. My contention is that while our abstract sense of racism has evolved, our tacit, concrete knowledge has not, which explains that racism is for the most part still rampant, even though we know abstractly that it is wrong. So how do we educate and develop the awareness of the tacit, concrete knowledge that informs our actions, and develop the emotional intelligence to give a depth of understanding to what we know and believe abstractly. (shrink)

We begin by considering two common ways of conceiving critical metaphysics. According to the first (and polemical) conception, critical metaphysics analyzes nothing more than the form of thought and thereby misses the proper point of metaphysics, namely to investigate the form of reality. According to the second (and affirmative) conception, critical metaphysics starts from the supposed insight that the form of reality cannot be other than the form of thought and is thus not required to analyze anything but that form. (...) We argue that the first conception is too weak while the second is too strong. Then we sketch an alternative conception of critical metaphysics, a conception we find expressed both in Kant’s B-Deduction and in the way Barry Stroud has recently investigated the possibility of metaphysics. According to such a conception, a properly critical metaphysics needs to proceed in two steps: first, it needs to analyze the most general and necessary form of any thought that is about an objective reality at all; second, it needs to investigate how that form of thought relates to the reality it purports to represent. But unlike Kant, Stroud remains sceptical regarding the possibility of a satisfying transition from thought to reality in metaphysics. We argue that this dissatisfaction can be traced back to a notion of objectivity and reality in terms of complete mind-independence. Then we sketch an alternative notion of objectivity and reality in terms of distinctness from subjects and acts of thinking, and argue that it is that notion that allows Kant, with his Transcendental Idealism, to make the transition required for any satisfying metaphysics, namely that from the form of thought to reality. (shrink)

GAMETOGÊNESE -/- Emanuel Isaque Cordeiro da Silva Instituto Agronômico de Pernambuco Departamento de Zootecnia – UFRPE Embrapa Semiárido -/- • _____OBJETIVO -/- Os estudantes bem informados, estão a buscando conhecimento a todo momento. O estudante de Veterinária e Zootecnia, sabe que a Reprodução é uma área de primordial importância para sua carreira. Logo, o conhecimento da mesma torna-se indispensável. No primeiro trabalho da série fisiologia reprodutiva dos animais domésticos, foi abordado de forma clara, didática e objetiva os mecanismos de diferenciação (...) sexual dos embriões em desenvolvimento, quais os genes envolvidos nesse processo e tudo mais. Nesse segundo trabalho, a abordagem será teórica, mas também clara, sobre a formação primordial dos gametas femininos e masculinos, através da ovogênese nas fêmeas e a espermatogênese nos machos. Esse trabalho visa levar a importância do processo de formação dos gametas e a produção hormonal das gônadas, bem como o entendimento sobre as interações com o eixo hipotálamo-hipofisário. -/- •____INTRODUÇÃO -/- A reprodução sexual é um processo mediante a qual dois organismos da mesma espécie unem seu material genético para dar lugar a um organismo fixo com combinação única de genes; para isso, cada organismo produz células que contém a metade do material genético característico da espécie. Essas células haploides (1n) são denominadas gametas; ao combinar-se um gameta masculino com um feminino produz-se uma célula diploide (2n) (zigoto ou ovo) a partir da qual se forma o embrião. A grande maioria das espécies com reprodução sexual são anisogâmicas, o que significa que produzem dois tipos de gametas diferentes: os gametas masculinos são microscópios, móveis e produzem-se em grande quantidade, enquanto que os femininos são grandes, imóveis e produzem-se em menor quantidade. O tipo de gameta que um indivíduo produz é o que define seu sexo; sobre os animais o macho é o indivíduo que produz grandes quantidades de espermatozoides e a fêmea produz uma menor quantidade de óvulos, enquanto que nas plantas as gônadas masculinas são as produtoras pólen e as femininas produzem oosferas. Os gametas são diferentes do resto das células do organismo, as quais se chamam células somáticas; essas últimas são diploides porque contém dois pares de cromossomos, um par herdado do pai do indivíduo e o outro da mãe. As células somáticas, ademais, se dividem por mitose, ao qual os cromossomos se duplicam antes de cada divisão celular e cada uma das células filhas recebe um complemento diploide idêntico dos cromossomos, logo todas as células somáticas de um indivíduo possuem o mesmo material genético, embora cada tipo celular expresse diferentes combinações de genes. Em contraponto, os gametas são células haploides porque possuem somente um par de cromossomos e a metade do material genético característico da espécie. Cada um dos cromossomos em um gameta é resultado da recombinação dos genes contidos nos cromossomos paterno e materno do indivíduo que originam o gameta, e cada um destes possuem uma combinação única de genes. Os gametas se formam a partir das células germinais, que são células que em sua origem são diploides e elas de “comprometem” a manter-se como uma linha celular especial que em determinado momento sofrerá o processo de meiose para dar origem aos gametas haploides, sejam óvulos ou espermatozoides segundo o sexo do animal. Como descrito no trabalho sobre a diferenciação sexual, as células germinativas primordiais originam-se no epiblasto do embrião, e migram desde o saco vitelino até colonizar as cristas gonodais, onde, por sua vez, proliferam-se e se organizam junto com as células somáticas da gônada primitiva para formar o testículo ou o ovário. As células germinais masculinas e femininas tem a mesma origem embrionária. As gônadas indiferenciadas em um embrião possuem três tipos celulares: as células que dão origem aos gametas (ovogonia ou espermatogonia), as precursoras de células que nutrem os gametas em desenvolvimento (células da granulosa no ovário; células de Sertoli no testículo) e as precursoras de células que secretam hormônios sexuais (células da teca no ovário; células de Leydig no testículo). As células germinais são as únicas estruturas do organismo que têm a capacidade de dividir-se por meiose sofrendo uma redução no número de seus cromossomos, sendo responsável pela transmissão da carga genética aos descendentes. Em contraste, as células somáticas somente se dividem por mitose. A formação dos gametas compreende fases sequenciais de mitose, meiose e pós-meiose. Esses processos são altamente organizados e necessitam de um preciso e bem coordenado programa de expressão genética. Uma das características importantes da gametogênese é a redução cromossômica, que através da meiose, reduz pela metade o número de cromossomos e produz células distintas entre si, devido a trocas de material genético entre os pares de cromossomos provenientes do pai e da mãe, o que ocorre no processo de “crossing over” durante a primeira fase da meiose. A gametogênese é o processo mediante o qual as células germinais de cada sexo se multiplicam, dividem e diferenciam até formar os gametas. No caso da formação dos gametas masculinos o processo recebe o nome específico de espermatogênese, e para os gametas femininos é denominado como ovogênese. Embora os dois processos alcancem o objetivo comum de produção das células haploides, por onde compartilham algumas características, existem diferenças marcadas entre eles devido a necessidade de produzir um número muito distinto de gametas, de tamanho diferente, e com características de motilidade também distintas. -/- •___ESPERMATOGÊNESE -/- A espermatogênese é o processo mediante o qual se produz os gametas masculinos denominados espermatozoides. Durante a vida fetal as células germinais e as células somáticas do testículo em formação organizam-se em túbulos seminíferos que se derivam dos cordões sexuais primários e conformam a maior parte da medula do testículo. Na etapa fetal cada tubo seminífero é delimitado por uma membrana basal, recoberta na parte interior pelas células precursoras das células de Sertoli (um tipo de células somáticas). No exterior do túbulo localizam-se as células precursoras das células de Leydig ou intersticiais (figura 1), que também são células somáticas. Entre a membrana basal e as células de Sertoli encontram-se algumas células germinais denominadas espermatogonias de reserva A0 (denominadas gonócitos) que serão o único tipo de células germinais presentes no testículo enquanto o animal não alcançar a puberdade. As células de Sertoli estabelecem na região basal uniões oclusoras entre si, formando parte da barreira hemato-testicular. As espermatogonias A0 localizam-se por dentro da membrana basal do túbulo seminífero, embora fora da barreira hemato-testicular. Figura 1: fase neonatal. Nota-se a grande infiltração de tecido intersticial em quase 50% da seção originando que os túbulos sejam pequenos e redondos em sua maioria. O citoplasma e núcleo das células pré-Leydig são notadas claramente por essa ser uma espécie suína onde o tecido intersticial está claramente diferenciado. Hematoxilina-eosina (X 220.5). Fonte: Embrapa. -/- O número de células de Sertoli no testículo depende da influência do hormônio folículo estimulante (FSH) presente durante a vida fetal e as primeiras etapas de vida pós-natal. A população de células de Sertoli ao chegar a puberdade se manterá fixa durante o resto da vida do animal; existe uma relação positiva entre o tamanho e a população de células de Sertoli e a capacidade de produção de espermatozoides do testículo. As células de Sertoli são as únicas células somáticas que estão no epitélio seminífero, e sua função é a nutrição, sustentação e controle endócrino das células germinais. As células de Sertoli participam ativamente no processo de liberação dos espermatozoides para a luz do túbulo. Nesse momento, as células de Sertoli realizam a fagocitose de parte do citoplasma do espermatozoide dos chamados corpos residuais. As células de Sertoli também fagocitam as células germinais que se degeneram no curso normal da espermatogênese. Essas células ainda sintetizam grande quantidade de proteínas, como por exemplo as proteínas ABP (androgen hinding protein), que transportam andrógenos para todo o aparelho reprodutivo, transferrinas, que transportam ferro para a respiração celular das células germinais e também às inibinas, que regulam a liberação de FSH pela hipófise, através de um sistema de retroalimentação (feedback) negativa (figura 2). Figura 2: epitélio seminífero, células de Sertoli (flecha) (400 X). Fonte: Embrapa. -/- Antes da puberdade dos túbulos seminíferos observam-se ao corte como estruturas de diâmetro pequeno, sem luz, e conformados unicamente pelas células de Sertoli e espermatogonias de reserva e rodeados por abundante tecido intersticial, ao que estão presentes as células precursoras das células de Leydig. Ainda antes da puberdade, a diferenciação celular manifesta-se primeiro pela presença de espermatócitos primários, os quais se degeneram em geral na fase de paquíteno, por falta de estimulação hormonal. A partir de que o animal chega a puberdade inicia-se o processo de espermatogênese, que se manterá durante toda a vida do animal, exceto em espécies de animais silvestres muito estacionais, ao qual pode se suspender durante a época não reprodutiva para voltar e ser retomada na época ou estação reprodutiva. Depois da puberdade, os túbulos seminíferos possuem um diâmetro muito maior; em seu interior observa-se um grande número de células germinais de todos os tipos, diferentes estádios de divisão, e em seu lúmen contém líquido e espermatozoides. Ainda sobre o alcancei da puberdade, as espermatogonias começam a dividir-se aceleradamente por mitose, enquanto que no espaço intersticial as células mesenquimais também começam a se diferenciar e a dar origem as células de Leydig (figura 3). A partir dessa etapa as células de Leydig (totalmente diferenciadas) são também evidentes no exterior do túbulo, junto com as células mioides ou peritubulares que o rodeiam o que ao contrair-se são responsáveis por controlar o avanço dos fluidos e as células presentes no lúmen do túbulo. As células mioides estão situadas ao redor do túbulo, e é creditado a elas a promoção da contração e da integridade estrutural do túbulo. Esse tipo celular apenas se diferencia na puberdade pela ação dos andrógenos (figura 4). As interações entre as células de Sertoli e as mioides parecem ter um papel importante na manutenção das funções do testículo. Durante o processo de espermatogênese, as espermatogonias de reserva dividem-se periodicamente e enquanto algumas células fixas permanecem como espermatogonias de reserva, outras proliferam e sofrem uma seção de divisões mitóticas durante as quais se vão diferenciando até formarem espermatócitos primários (espermatocitogênese ou fase de mitose), logo sofrem divisões especiais mediante as quais reduzem seu número de cromossomos (fase de meiose), e ao final trocam de forma para converter-se em espermatozoides (espermatocitogênese) (figura 5). Cada uma dessas etapas da espermato- gênese será descrito detalhadamente adiante, antes é necessário a explicação de algumas características das células de Sertoli e de Leydig que ajudarão a entender seu papel durante a espermatogênese. Figura 3: células de Leydig no espaço intersticial do testículo bovino adulto PAS (400 X). Fonte: Embrapa. -/- Figura 4: o estabelecimento da puberdade pela presença de espermatozoides no túbulo. Hematoxilina-eosina (400 X). Fonte: Embrapa. Figura 5: fases mitóticas das espermatogonias (A0 e B) para formação de um espermatócito primário e as duas fases de meiose que se sucedem antes da espermatogênese. Fonte: ZARCO, 2018. -/- Ao início da espermatocitogênese as uniões oclusoras entre as células de Sertoli se abrem por etapas (como as comportas de um submarino) para permitir a passagem das espermatogonias em direção ao centro do túbulo seminífero sem que se estabeleça uma continuidade entre o exterior e o interior da barreira hemato-testicular. Uma vez ultrapassada essa barreira, as sucessivas gerações de espermatogonias, espermatócitos, espermátides e espermatozoides irão se localizar em direção ao interior do túbulo seminífero, em estreita associação com as células de Sertoli. Em consequência, as células de Sertoli dividem o túbulo seminífero em dois compartimentos; o compartimento basal (debaixo das uniões oclusoras das células de Sertoli), ao qual residem as espermatogonias de reserva, e o compartimento adluminal (em direção ao centro do túbulo), cujos espaços entre as células de Sertoli desenvolvem o resto do processo de espermatogênese (meiose e espermatocitogênese). Esse feito é importante porque durante a vida fetal as únicas células germinais existentes eram as espermatogonias de reserva, pelo que os antígenos expressados por gerações mais avançadas (espermatogonias intermediárias, secundárias, espermátides e espermatozoides) não são reconhecidos como próprios do corpo pelo sistema imunológico. Logo, o anterior implica que deve existir uma barreira entre eles e o sangue para evitar um ataque imunológico. Em todas as etapas da espermatogênese, as células de Sertoli atuam como células de suporte para as células germinais, que sempre permanecem recoberta pela membrana das células de Sertoli. Também atuam como células nutricionais já que proporcionam o meio em que as células germinais se desenvolvem e maturam, assim como as substâncias que regulam e sincronizam as sucessivas divisões e transformações das células germinais. As células de Sertoli produzem hormônios, como estrógenos e inibina que atuam sobre a hipófise para regular a secreção das gonadotropinas que controlam a espermatogênese. As células de Leydig que residem no exterior do túbulo seminífero também são importantes para a espermatogênese: produzem a testosterona que estimula e mantém a espermatogênese, bem como serve como substrato sobre o qual atua como aromatizador das células de Sertoli para transformá-las em estrógenos. Como supracitado, para seu estudo podemos dividir a espermatogênese em três fase: espermatocitogênese, meiose e espermiogênese (figura 6). Agora, serão descritas cada uma dessas etapas. Em algumas espécies, incluindo no homem, os macrófagos representam o segundo tipo celular intersticial mais numeroso no testículo, depois das células de Leydig. Os macrófagos e vários subtipos de linfócitos são identificados nós testículos de ovinos e ratos. Eles estão intimamente associados com as células de Leydig e atuam juntamente na regulação da esteroidogênese. Figura 6: fluxograma da espermatogênese. -/- Espermatocitogênese -/- A espermatocitogênese, também chamada de etapa proliferativa ou de mitose, consiste numa série de divisões mitóticas sofridas pelas células descendentes de uma espermatogonia de reserva. Uma vez que a célula se divide, abandona o estado de reserva e começa um processo de diferenciação. As espermatogonias de reserva (denominadas espermatogonias A0 na rata ou As nos humanos) são células que existem desde a vida fetal e que permanecem mitoticamente inativas durante a infância. Uma vez que alcançam a puberdade começam a dividir-se em intervalos regulares, e as células filhas podem permanecer como espermatogonias de reserva ou abandonar a reserva e ingressar na dita espermatocitogênese. Uma vez abandonada a reserva, as células filhas que vão se formando em cada divisão permanecem unidas por pontes citoplasmáticas, constituindo um clone que se divide sincronicamente. As células que se formam depois de cada divisão continuam sendo espermatogonias, porém cada geração é ligeiramente diferente da anterior. Na rata, por exemplo, as espermatogonias tipo A0 ao dividir-se originam espermatogonias do tipo A1, que em sucessivas divisões formam espermatogonias dos tipos A2, A3 e A4, as quais, por sua vez, sofrem outra mitose para formar espermatogonias intermediárias e uma mais para formar espermatogonias do tipo B. Essas últimas se diferenciam (sem se dividir) em espermatócitos primários, processo em que termina a fase de espermatocitogênese, que literalmente significa processo de geração de espermatócitos. As espermatogonias tipo A0 são a fonte para a contínua produção de gametas. A metade delas se dividem e formam células iguais (as chamadas células tronco) e a outra metade forma as espermatogonias A1, que sofre novas divisões mitóticas e formam os tipos 2, 3 e 4. O tipo A4 sofre mitose para formar a intermediária (A In), que por mitose, forma a tipo B (figura 6). Esses tipos de espermatogonias podem ser identificadas em evoluções histológicas de acordo com sua organização topográfica na membrana basal dos túbulos seminíferos ou mediante seu conteúdo de heterocromatina. Outra maneira de diferenciação se baseia em marcadores moleculares específicos que distinguem as espermatogonias tronco (A0) das demais, com os fins de isolamento, desenvolvimento in vitro e transplante. As tipo B passam por mitose para formarem os espermatócitos primários; estes iniciam a primeira etapa da meiose formando os espermatócitos secundários; na segunda etapa da divisão meiótica, cada espermatócito secundário se divide e formam as chamadas espermátides. Quando o testículo alcança seu desenvolvimento total, a meiose completa-se e as espermátides originadas se convertem em espermatozoides. Um dos maiores sinais característicos desse fenômeno é o alargamento das espermátides e sua migração em direção ao lúmen do túbulo seminífero (figuras 4, 7 e 8). Figura 7: espermatogonias marcadas por imuno-histoquímica, anticorpo monoclonal TGFa (400 x). Figura 8: fases de divisões meióticas (M), espermatócitos em paquíteno (PA) e espermatócitos secundários (ES). -/- Figura 9: estádio posterior a liberação dos espermatozoides na luz do túbulo. Hematoxilina-eosina (400 x). Mediante as seis divisões mitóticas que ocorrem durante a espermatocitogênese se forma potencialmente um clone de 64 espermatócitos primários a partir de cada espermatogonia A que ingressa sobre o processo. Não obstante, algumas células sofrem apoptose em cada uma das etapas do processo, ao qual o número real formado é menor. Em outras espécies produzem-se um transcurso similar de divisões mitóticas sucessivas durante a espermatocitogênese, embora a nomenclatura utilizada possa ser distinta, por exemplo nos bovinos as duas últimas divisões mitóticas dão origem as espermatogonias de tipo B1 e B2. -/- Meiose -/- Uma vez que as espermatogonias B se diferenciam em espermatócitos primários, esses iniciam a etapa de meiose, com uma nova divisão; desta vez a divisão é do tipo meiótica. Ao completar-se a primeira divisão meiótica (meiose I) se obtém os espermató-citos secundários, que ao sofrer a segunda divisão meiótica (meiose II) dão origem as espermátides. Vale salientar que a meiose é o processo mediante o qual reduz-se a metade do número de cromossomos, pelo que as espermátides que se obtém são células haploides (1n). Os espermatócitos secundários que se formam depois da primeira divisão meiótica contém a metade do número normal de cromossomos, porém a mesma quantidade de DNA já que cada cromossomo é duplo. As espermátides formadas na conclusão da segunda divisão meiótica (figura 7), por sua vez, contém a metade dos cromossomos, e esse já não são duplos, já que se trata de células 1n. Também deve-se enfatizar que durante a meiose é relevante o entrecruzamento dos cromossomos homólogos, pelo que cada espermátide possui uma combinação única e diferente de genes paternos e maternos. Outro ponto que deve ser levado em consideração é que cada espermátide somente possui um cromossomo sexual; a metade das espermátides contém o cromossomo X herdado da mãe do macho que está levando a cabo a espermatogênese e a outra metade contém o cromossomo Y herdado de seu pai. Para cada espermatócito primário que entra no processo de meiose obtém-se cerca de quatro espermátides, pelo qual ao ser completada a meiose potencialmente se poderiam formar até 256 espermátides por cada espermatogonia que abandona a reserva e ingressa na espermatocitogênese. -/- Espermiogênese -/- Durante a espermiogênese, também chamada de fase de diferenciação, as esper-mátides sofrem, sem se dividir, uma metamorfose que as transforma em espermatozoides, os quais finalmente são liberados das células de Sertoli em direção ao lúmen do túbulo seminífero. A espermiogênese é um processo complicado e longo já que a espermátide deve sofrer complexas trocas nucleares, citoplasmáticas e morfológicas que resultam na forma-ção dos espermatozoides. Algumas dessas mudanças incluem a condensação do material nuclear para formação de um núcleo plano e denso, a eliminação do citoplasma para a constituição de uma célula pequena, a formação de uma estrutura especializada denomi-nada acrossomo ou tampa cefálica, e a formação do pescoço e da cauda (flagelo) do esper-matozoide, do que depende a sua motilidade. Durante a maior parte da espermiogênese, as espermátides se mantém com uma estreita associação com as células de Sertoli; logo, chega-se a observar, então, flagelos que se projetam em direção a luz do túbulo que pare-cem sair das células de Sertoli, sendo na realidade os flagelos dos espermatozoides que ainda não tinham sido liberados pelo lúmen. Ao liberar os espermatozoides em direção a luz do túbulo, as células de Sertoli realizam a fagocitose de parte do citoplasma dos espermatozoides (corpos residuais). Também fagocitam os restos de todas as células germinais que sofrem apoptose ou degeneram-se durante a espermatogênese. Credita-se que ao realizar essas funções as células de Sertoli podem fazer uma monitoração eficiente da espermatogênese, o que lhes permitiria emitir sinais para colaborar na regulação desse processo em nível gonodal e a nível sistêmico através da secreção de hormônios como a inibina e o estradiol. Além da inibina e activina, as células de Sertoli sintetizam outras proteínas, como a ABP (proteína ligadora de andrógenos) que serve como uma molécula de transporte de andrógenos dentro dos túbulos seminíferos, ductos deferentes e epidídimo, ou a transfer-rina, que transporta o ferro necessário para a respiração celular. -/- Resultados da espermatogênese -/- O resultado da espermatogênese não significa apenas uma simples multiplicação das células germinais (até 256 espermatozoides a partir de cada espermatogonia A1), senão que através dela são produzidos gametas haploides pequenos, móveis e com grande diversidade genética entre eles, ao mesmo tempo que se mantêm uma reversa de células mãe (espermatogonias A0) a partir das quais se poderiam originar novos ciclos de esper-matogênese durante o resto da vida do animal. -/- Controle hormonal da espermatogênese -/- Como mencionado, o FSH reproduz um importante papel para o estabelecimento das células de Sertoli durante a vida fetal e início da vida pós-natal. O começo da esper-matogênese também é estimulado pelo FSH, que atua sobre as células de Sertoli para estimular sua função e a ativação de sinais dessas células em direção as células germinais, incluindo-as a abandonar a reserva e ingressar na espermatogênese. O FSH, assim mesmo, estimula a mitose durante o resto da espermatogênese e aumenta a eficiência do processo, já que reduz a apoptose e a degeneração de espermatogonias intermediárias e do tipo B. O FSH também estimula as células de Sertoli para produzirem inibina e ABP. Uma vez iniciada a espermatogênese somente requerem níveis baixos de FSH para se mantê-la. As células de Sertoli também devem ser estimuladas pela testosterona para funcio-nar de maneira adequada; se requer também do LH hipofisário: hormônio que estimula as células de Leydig para produzir testosterona. Por sua vez, a secreção de LH e FSH é regulada pelo GnRH hipotalâmico: esse neurohormônio também faz parte do mecanismo de regulação da espermatogênese. A espermatogênese também é modulada em nível local mediante a produção de determinados fatores e interações entre as células. Dentro dos fatores locais podemos mencionar o fator de crescimento parecido com a insulina 1 (IGF-1), o fator de crescimen-to transformante beta (TGF- β), activina, ocitocina e diversas citocinas. Entre as intera-ções celulares existem tanto uniões de comunicação entre as células de Sertoli e as células germinais, como pontes citoplasmáticas entre todas as células germinais que formam o clone de células descendentes de uma espermatogonia A1. Uma vez que as células de Sertoli iniciam sua função na puberdade é possível manter experimentalmente a espermatogênese somente com testosterona, sem ser requeri-dos nenhum outro hormônio. A quantidade de espermatozoides produzidos, no entanto, é maior quando há presença do FSH. Abaixo do estímulo do FSH as células de Sertoli produzem estradiol e inibina, hormônios que geram uma retroalimentação sobre o eixo hipotálamo-hipofisário para a regulação da secreção de gonadotropinas. Em particular, a inibina reduz a secreção de FSH, pelo qual é factível que sirva como um sinal que evite uma excessiva estimulação as células de Sertoli. -/- Ciclo do epitélio seminífero -/- Em cada espécie as espermatogonias de reserva iniciam um novo processo de divi-sões celulares em intervalos fixos: a casa 14 dias no touro; 12 dias no garanhão e a cada 9 dias no cachaço (reprodutor suíno). A nova geração de células que começam a proliferar sobre a base do tubo deslocam-se em direção ao centro do túbulo a geração anterior, que por sua vez deslocam-se as gerações anteriores. Devido as mudanças que vão sofrendo cada geração celular se ajustam a tempos característicos de cada etapa, já que rodas as células em uma determinada seção do túbulo estão sincronizadas entre si pelas células de Sertoli; em cada espécie somente é possível encontrar um certo número de combinações celulares: 14 diferentes combinações no caso da rata, 8 no touro e 6 no ser humano. A sucessão de possíveis combinações até regressar a primeira combinação se conhece como o ciclo do epitélio seminífero. Na maioria das espécies os espermatozoides que são libera-dos em direção a luz do túbulo provém das células que entraram no processo de esperma-togênese quatro gerações antes que a geração que está ingressando nesse momento, pelo que a espermatogênese no touro dura ao redor de 60 dias e um pouco menos em outras espécies domésticas. Significa que os efeitos negativos das alterações na espermatogêne-se podem estar presentes até dois meses depois de que se produziram essas alterações. Como supracitado, geralmente se observa a mesma combinação celular em toda a área de uma determinada secção transversal do túbulo seminífero. No entanto, se fizermos uma série de secções, observa-se que ao longo do túbulo há uma sucessão ordenada de combinações (a primeira em uma determinada secção; a segunda combinação na seguinte secção, e assim sucessivamente em secções subsequentes até regressar a primeira combi-nação. Teremos, então, que ao início da divisão das espermatogonias A1 se produz de forma sincronizada em uma secção do túbulo, e vai-se transmitindo como uma onda peristáltica as secções adjacentes. Esse processo é denominado como onda do epitélio seminífero e graças à esse túbulo seminífero sempre tem secções em todas as etapas da espermatogênese, com o que se alcança uma produção constante de espermatozoides. -/- Alterações da espermatogênese -/- Nas espécies estacionais a espermatogênese, como já mencionado, pode reduzir-se ou inclusive suspender sua atividade fisiológica durante a época não reprodutiva dessas espécimes, porém esse processo fisiológico não pode ser considerado como uma altera-ção. No entanto, a espermatogênese só pode ser alterada pelas enfermidades ou por fatores externos. A principal causa de alterações na espermatogênese é o aumento da temperatura testicular. Por isso, os testículos são localizados na saco escrotal e são “caídos” para fora do corpo como pode-se observar nos bovinos, caprinos, ovinos, caninos e no próprio homem. A temperatura testicular deve estar cerca de 2 a 6 °C abaixo da temperatura corporal normal. As células germinais masculinas são sensíveis ao calor, pelo qual na maioria dos mamíferos os testículos se encontram fora da cavidade abdominal e existe um sofisticado sistema de termorregulação para mantê-los a uma temperatura menor que a corporal. Se a temperatura corporal for elevada ou se os testículos permanecerem na cavidade abdominal, ou ainda se os sistemas termorreguladores do testículo sejam afetados por fatores inflamatórios como edema ou falta de mobilidade testicular dentro do escroto, a temperatura do tecido testicular aumentará e a espermatogênese sofrerá alterações proporcionais ao excesso de temperatura e a duração da elevação. A espermatogênese também pode ser afetada pela exposição a hormônios ou a outras substâncias. É possível que a causa mais comum (sobretudo no homem) seja o uso de esteroides anabólicos, que elevam a concentração de andrógenos na circulação, provo-cando um feedback negativo sobre a secreção de gonadotropinas. Ao deixar de estimular-se o testículo pelas gonadotropinas, este deixará de produzir testosterona, e as concentra-ções de andrógeno exógeno nunca alcançará as altíssimas concentrações de testosterona que normalmente estão presentes a nível do tecido testicular por ser o local onde se produz o hormônio. Também se supõe que diversas substâncias com propriedades estrogênicas derivadas de processos industriais (indústria dos plásticos, hidrocarbonetos etc.) e presentes no ambiente (fatores xenobióticos) podem ser responsáveis pelas alterações na espermatogênese em diversas espécies, entre as quais se inclui o ser humano. -/- • OVOGÊNESE E FOLICULOGÊNESE -/- A ovogênese é o processo seguido pelas células germinais da fêmea para a forma-ção dos óvulos, que são células haploides. Durante a vida fetal as células germinais proliferam-se no ovário por mitose, formando um grande número de ovogonias, algumas das quais se diferenciam em ovócitos primários que iniciam sua primeira divisão meiótica para deter-se na prófase da divisão. Somente alguns desses ovócitos primários retornarão e concluirão a primeira divisão meiótica em algum momento da vida adulta do animal, dando origem a um ovócito secundário e a um corpo polar. O ovócito secundário inicia a sua segunda divisão meiótica, a qual volta a ficar suspensa até receber um estímulo apropriado, já que somente os ovócitos secundários que são ovulados e penetrados por um espermatozoide retornam e concluem a segunda divisão meiótica, dando origem a um óvulo (figura 10). O processo de ovogênese é realizado dentro dos folículos ovarianos, que também tem que sofrer um longo transcurso de desenvolvimento e diferenciação denominado foliculogênese pelo que a ovogênese como tal realiza-se dentro do marco desse último processo. Por essa razão, na seguinte seção descreverei tanto a ovogênese como a folicu-logênese, e a relação que existe entre ambos. Figura 10: representação da ovogênese. Na etapa de proliferação, as células germinais se diferen-ciam por mitose. A meiose I se caracteriza por uma prófase prolongada, ocorrendo a duplicação do DNA. Nas duas divisões, que ocorrem antes da ovulação e depois da fertilização, a quantidade de DNA é reduzida a 1n, com o fim de que a fusão dos pronúcles (singamia) pós-fertilização, seja gerado um zigoto com um número de cromossomos de 2n (diploide). -/- Geração de ovócitos primários e folículos primordiais Tanto a ovogênese como a foliculogênese iniciam-se durante a vida fetal, quando as células germinais primordiais provenientes do saco vitelino colonizam a gônada primitiva e, junto com as células somáticas z organizam-se para a formação dos cordões sexuais secundários, que se desenvolvem principalmente no córtex do ovário. Nesse período, as células germinais que colonizaram o ovário sofrem até 30 divisões mitóticas, proliferando-se até formar milhares ou milhões de ovogonias, que inicialmente formam “ninhos” constituídos cada um deles por um clone de várias ovogonias que descendem da mesma célula precursora e que se mantêm unidas por pontes citoplasmáticas, sincronizan-do suas divisões mitóticas. Nessa etapa alcança-se a máxima população de células germinais no ovário, que antes de nascer se reduzirá drasticamente por apoptose. No ovário do feto humano chegam a haver até sete milhões de células germinais que ao nascimento se reduzem a dois milhões. Os ovários fetais do bovino, de maneira análoga, chegam a ter até 2.100.000 células germinais, que ao nascimento reduzem para 130.000 aproximadamente. A redução no número de ovogonias produz-se ao mesmo tempo que essas células, que vêm dividindo-se por mitose e estão agrupadas em ninhos, iniciam sua primeira divisão meiótica para se transformarem em ovócitos primários: células germinais que se encontram em uma etapa de suspensão (diplóteno) da prófase da primeira divisão meiótica. Nesse período produz-se uma grande proporção de células germinais; as células somáticas dos cordões sexuais, por sua vez, emitem projeções citoplasmáticas que separam a isolam os ovócitos primários sobreviventes, ficando cada um deles rodeados por uma capa de células aplanadas da (pré) granulosa. Ao mesmo tempo em que se forma uma membrana basal entre as células da granulosa e o tecido intersticial do ovário. Ao ovócito primário rodeado de uma capa de células da (pré) granulosa aplanadas e delimita-das por uma membrana basal denomina-se de folículo primordial (figura 11). Nas vacas os folículos primordiais bem formados já estão presentes nos ovários a partir do dia 90 da gestação. A maioria dos folículos primordiais com os que nasce uma fêmea se manterão inativos durante um longo tempo; muitos deles durante toda a vida do animal. Nos folículos primordiais inativos tanto os ovócitos primários como as células da granulosa conservam sua forma original e mantém um metabolismo reduzido estritamente ao mínimo necessário para manter-se viáveis. Por essa razão, ao realizar um corte histológico de qualquer ovário as estruturas mais numerosas que se observam serão os folículos primordiais. No entanto, cada dia da vida de um animal, inclusive desde a vida fetal, um certo número de folículos primordiais reiniciam seu desenvolvimento, e a partir desse momento um folículo exclusivamente pode ter dois destinos: o primeiro, prosseguir seu desenvolvi-mento até chegar a ovular, e o segundo (que é muito mais frequente) encontrar em algum momento condições inadequadas que fazem fronteira com ele para parar seu desenvolvi-mento, levando-o a sofrer atresia e degenerar até desaparecer do ovário. Figura 11: sequência da foliculogênese apresentando as diferentes estruturas que podemos encontrar em cada fase. Fonte: ZARCO, 2018. Culminação da ovogênese A ovogênese somente se completará quando um ovócito primário reinicia a meio-se; completa sua primeira divisão meiótica para formar um ovócito secundário e um primeiro corpo polar e, quando, finalmente sofrer uma segunda divisão meiótica para formar um óvulo e um segundo corpo polar. Os óvulos são as células 1n que constituem os gametas femininos, pouco numerosos, grandes e imóveis. A grande maioria dos ovóci-tos primários, como veremos mais adiante, nunca retomam a meiose e, em consequência, não chegam a formar ovócitos secundários, e muitos dos ovócitos secundários tampouco sofrem uma segunda divisão meiótica, pelo que não chegam a formar os óvulos. Ao longo da vida de uma fêmea, na maioria das espécies, menos de 0,1% dos ovócitos primários (um a cada mil) chega a terminar a ovogênese, dando origem a um óvulo. O supracitado deve-se a que a ovogênese somente pode retomar-se e ser completa-da em ovócitos primários que se encontram dentro dos folículos primordiais que (uma vez ativados) vão alcançando diversas etapas de seu desenvolvimento em momentos precisos aos que encontram as condições ideais de oxigenação, nutrição, vascularização e exposição a fatores parácrinos e a exposição a concentrações de hormônios que se requerem para que o folículo continue em cada etapa de seu desenvolvimento com o processo de foliculogênese até chegar a ovular. Qualquer folículo que não esteja nessas condições ao longo do desenvolvimento sofrerá degeneração e atresia, pelo que o ovócito primário em seu interior nunca chegará ao ponto em que pode retomar a primeira divisão meiótica. No que resta da presente seção revisaremos o processo de foliculogênese em cujo marco se desenvolve a ovogênese; havemos que tomar de conta que essa última se limita ao que ocorre nas células germinais (ovogonia, ovócito primário, secundário e óvulo), pelo qual depende intimamente do desenvolvimento do folículo de que essas células formam parte. Em um princípio a ativação do folículo primordial e o desenvolvimento folicular são independentes das gonadotropinas: não se conhecem os mecanismos precisos median-te os quais um folículo primordial se ativa e reinicia seu desenvolvimento, nem como se decide quais folículos, dentre as dezenas de milhares de ou centenas de milhares presentes em um ovário se reativarão em um dia em particular. A reativação trata-se de uma liberação de influência de fatores inibidores, já que os folículos primordiais se reativam espontaneamente quando cultivados in vitro, isolados do resto do tecido ovariano. Uma vez que um folículo primordial se ativa, inicia-se um longo processo de desenvolvimento que somente depois de vários meses (ao redor de cinco meses no caso dos bovinos) o levará a um estádio em que seu desenvolvimento posterior requer a presença das gonado-tropinas; daí que se diz que as primeiras etapas do desenvolvimento são independentes das gonadotropinas. Durante a fase independente de gonadotropinas, um folículo primordial que tenha sido ativado e tenha começado a crescer; passará primeiro para a etapa de folículo primá-rio, caracterizada por conter um ovócito primário que está rodeado, por sua vez, por uma capa de células da granulosa, que não são planas, e sim cúbicas. Depois, se o folículo continuar crescendo se transformará em um folículo secundário, ao qual as células da granulosa começam a proliferar (aumentando em número) e se organizam em duas ou mais capas que rodeiam o ovócito primário. Entre o ovócito e as células da granulosa que o rodeiam se forma nesta uma zona pelúcida; ainda assim o ovócito mantém contato direto com essas células, mediante o estabelecimento de pontes citoplasmáticas que atravessam a zona pelúcida. Através dessas pontes citoplasmáticas as células da granulosa podem passar nutrientes e informação ao ovócito primário. O volume e o diâmetro do ovócito primário aumentam ao mesmo tempo que as células da granulosa proliferam-se, para incrementar as capas ao redor do ovócito. De maneira gradual o citoplasma do ovócito primário aumenta até 50 vezes seu volume e a proliferação das células continua. Esses folículos que possuem cada vez mais células e portanto mais capas de células da granulosa se denominam folículos secundários. Para evitar confusões, há a necessidade de nomen-clatura ao qual o folículo vá mudando de nome de primordial a primário e logo, de secun-dário, a terciário, por sua vez, o ovócito que encontra-se em seu interior, a todo momento, segue sendo um ovócito primário. Durante a etapa dependente de gonadotropinas, os folículos secundários começam a formar um espaço cheio de líquido, o antro folicular, desse modo se convertem em folí-culos terciários. Com a utilização de outra nomenclatura, a formação do antro marca a transição entre folículos pré-antrais (sem antro) e folículos antrais (com antro). Em algum momento dessa transição entre folículo secundário e terciário, também aparece a depen-dência de folículos em direção as gonadotropinas, pelo qual somente podem seguir crescendo na presença do hormônio luteinizante (LH) e do hormônio folículo estimulante (FSH). Nos bovinos e em outras espécies (para seu estudo), os folículos antrais são dividi-dos em pequenos, médios e grandes. Embora todos eles possuam um antro folicular, dependendo do seu grau de desenvolvimento requerem diferentes concentrações de gona-dotropinas para continuar o crescimento. Os folículos antrais mais pequenos somente re-querem concentrações baixas de LH e FSH, pelo qual podem continuar crescendo em qualquer momento do ciclo estral inclusive em animais que não estão ciclando (fêmeas em anestro pré-puberal, gestacional, lactacional, estacional). Nas etapas posteriores os folículos antrais requerem primeiro concentrações elevadas de FSH, e nas etapas finais somente podem continuar crescendo na presença de pulsos frequentes de LH, pelo qual somente os folículos que encontram-se sob concentrações apropriadas desses hormônios podem seguir crescendo. Por essa razão, nos animais que se encontram em anestro de qualquer tipo somente é possível encontrar folículos antrais pequenos ou médios, segundo a espécie, e nos animais que se encontram ciclando (estro) o maior tamanho folicular encontrado em um determinado dia do ciclo dependerá das concentrações de FSH e LH presentes nesse momento e nos dias anteriores. Um folículo que chega ao estado máximo de desenvolvimento, conhecido como folículo pré-ovulatório, ao final, somente chegará a ovular se for exposto a um pico pré-ovulatório de LH. Como supracitado, cada dia na vida de uma fêmea inicia seu desenvolvimento um certo número de folículos; a grande maioria sofrem atresia, mas depois da puberdade em cada dia do ciclo estral um ou vários folículos vão encontrando ao longo do seu desenvol-vimento concentrações hormonais que lhes permite chegar na etapa de folículo pré-ovula-tório. Somente nestes folículos, e como consequência de um pico pré-ovulatório de LH, se reinicia e completa-se a primeira divisão meiótica do ovócito primário, produzindo duas células distintas. Uma delas é o ovócito secundário, que retém praticamente todo o citoplasma. Contém, assim mesmo, em seu núcleo um par de cromossomos duplos, a outra é o primeiro corpo polar, que é exclusivamente um núcleo com uma quantidade mínima de citoplasma. Na maioria das espécies ovula-se um ovócito secundário que se encontra, então, suspendido na segunda divisão meiótica. Esta segunda divisão meiótica somente reinicia-rá e completarar-se uma vez que o espermatozoide começa a penetrar sob o ovócito secundário. Ao concluir-se a divisão se forma o segundo corpo polar e completa-se a ovogênese com o qual se obtém o óvulo, célula 1n que constitui o gameta feminino. No entanto, o óvulo existe pouco tempo como tal, já que em poucos minutos/horas (depen-dendo da espécie) se produzirá a fusão do núcleo do mesmo (pró-núcleo feminino) com o do espermatozoide (pró-núcleo masculino), com o qual se completa a fertilização e se forma um novo indivíduo (o ovo ou zigoto). -/- Ondas foliculares -/- Como mencionado supra, todos os dias um determinado número de folículos pri-mordiais se ativam e começam a crescer, os quais crescem em um ritmo característico em cada espécie. Isso provoca que em qualquer momento existam nos ovários folículos pri-mordiais (que começam a crescer em alguns dias ou semanas), assim como folículos secundários em diversas etapas do desenvolvimento, os quais iniciaram seu desenvolvi-mento em semanas ou inclusive meses (segundo o grau de desenvolvimento atual). Também em qualquer momento poderá haver folículos antrais nas etapas iniciais de seu desenvolvimento (com antros que já se podem detectar em cortes histológicos mas não são visíveis macroscopicamente). Todos esses folículos chegaram até seu estado de de-senvolvimento atual (primário, secundário ou antral pequeno), independente da etapa do ciclo estral em que sejam observados ou encontrados. Nos bovinos, os folículos que chegam ao início da etapa antral iniciaram seu desenvolvimento cinco meses antes, e todavia requerem ao redor de 42 dias para chegar ao estado pré-ovulatório. Para continuar seu desenvolvimento, os folículos antrais pequenos devem encon-trar concentrações altas de FSH, que os estimulam para prosseguir o crescimento. Cada vez que se produz uma elevação nas concentrações de FSH, esse hormônio estimula o desenvolvimento de um grupo de folículos antrais pequenos, que começaram a crescer muito tempo antes e que o dia da elevação de FSH tenha alcançado o grau de desenvolvi-mento preciso para responder com eficiência a este hormônio, o qual atuará através de seus receptores nas células da granulosa para estimular a produção de estradiol, a secreção de inibina, a produção de líquido folicular e a proliferação das células da granulosa. Um grupo de folículos antrais pequenos é assim recrutado pelo FSH para acelerar seu cresci-mento e aumentar sua produção de estradiol e inibina (figura 12). Mediante um seguimento ultrassonográfico dos ovários é possível identificar pou-cos dias depois um certo número de folículos, que por haver sido recrutados começam um período de crescimento acelerado. Durante alguns dias vários folículos crescem juntos, porém depois um deles é selecionado para continuar crescendo, enquanto que o restante do grupo deixam de fazê-lo e terminam sofrendo atresia. Através da ultrassom é possível identificar o folículo selecionado, agora chamado folículo domi-nante, já que sua trajetória de crescimento sofre um desvio com respeito a seguida pelo restante do grupo. Os folículos que não foram selecionados deixam de crescer e sofrem atresia já que deixam de possuir o suporte gonadotrópico de FSH, uma vez que as concentrações desse hormônio são suprimidos pela inibina e o estradiol produzidos pelo conjunto de folículos que conformam a onda folicular (figura 12), porém o folículo mais desenvolvido do grupo se converterá em dominante. A inibina atua diretamente a nível hipofisário para reduzir a secreção de FSH. Figura 12: onda folicular e relação dos níveis de FSH, estradiol e LH. Fonte: ZARCO, 2018. -/- Figura 13: Recrutamento, seleção e dominação folicular na espécie ovina e influência do FSH e LH nas fases. Fonte: SILVA, E. I. C. da, 2019. -/- A razão pela qual o folículo dominante é capaz de continuar seu desenvolvimento apesar da baixa nas concentrações de FSH é que o folículo é o único que alcançou o grau de progresso necessário para que apareçam os receptores para LH em suas células da granulosa. Esse processo permite ao folículo dominante ser estimulado pela LH, e que requeira baixas concentrações de FSH para manter seu desenvolvimento. A secreção de LH em forma de pulsos de baixa frequência (um pulso a cada quatro a seis horas), característica da fase lútea do ciclo estral; é suficiente para permitir que um folículo dominante continue crescendo por mais dias depois da sua seleção e que mais tarde mantenha-se viável durante alguns dias embora não aumentem de tamanho. Contu-do, se durante o período viável desse folículo não seja finalizada a fase lútea e não diminuam as concentrações de progesterona, o folículo terminará sofrendo atresia devido a exigência de um padrão de secreção acelerada de LH (aproximadamente um pulso por hora) durante o desenvolvimento pré-ovulatório, que somente pode ser produzido com a ausência da progesterona. Uma vez que um folículo dominante sofre atresia deixa de produzir inibina, pelo qual as concentrações de FSH podem elevar-se novamente para iniciar o recrutamento de outro grupo de folículos a partir da qual se origina uma nova onda folicular. Durante o ciclo estral de uma vaca podem gerar-se dois ou três ondas foliculares; somente em raros casos quatro. A etapa de dominância folicular da primeira onda na grande maioria dos casos não coincide com a regressão do corpo lúteo, pelo qual o primei-ro folículo dominante quase invariavelmente termina em atresia. Em algumas vacas o fo-lículo dominante da segunda onda ainda está viável quando se produz a regressão do corpo lúteo e acelera-se a secreção de LH, pelo qual esse segundo folículo dominante se converte em folículo pré-ovulatório e, ao final ovula. Em outros animais o segundo folícu-lo dominante também perde a sua viabilidade antes da regressão do corpo lúteo, por onde nesses animais se inicia uma terceira onda folicular, da qual surge o folículo que finalmen-te ovulará depois de produzir-se a regressão do corpo lúteo. Sem importar a onda em que se origine, uma vez que um folículo dominante é ex-posto a alta frequência de secreção de LH que se produz depois da regressão do corpo lúteo, aumenta ainda mais sua secreção de estradiol até que as altas concentrações desse hormônio comecem a exercer um feedback positivo para a secreção do LH. Isso provoca-rá a aceleração da frequência de secreção do LH até que os pulsos são tão frequentes que começam a ficar por cima e produzir-se o pico pré-ovulatório de LH, que é responsável pela realização da ovulação e a maturação final do ovócito. -/- •___DIFERENÇAS ENTRE ESPERMATOGÊNESE E OVOGÊNESE -/- Enquanto que na fêmea a ovogênese inicia-se durante a vida fetal, no macho a es-permatogênese começa na puberdade. Na fêmea, a partir de um ovócito primário se origi-na um óvulo; no macho, de um espermatócito primário se produzem, teoricamente, quatro espermatozoides. Outra característica interessante é que enquanto a fêmea já conta desde o nasci-mento com todos os ovócitos que necessitará na vida adulta, o macho necessitará chegar a puberdade para iniciar o desenvolvimento das células sexuais, já que ao nascer somente possui gonócitos precursores das células germinais, células de Sertoli e intersticiais. Na vida adulta de uma fêmea, o número de células germinais desaparece paulati-namente. Uma vez iniciada a espermatogênese no macho, a cada ciclo do epitélio seminí-fero as células germinais são renovadas mantendo a provisão para toda a vida reprodutiva. Na fêmea, a meiose sofre duas interrupções em seu transcurso, e no macho é ininterrupta. Figura 14: representação em diagramação comparativa do desenvolvimento da gametogênese. -/- Principais pontos abordados sobre as diferenças entre a gametogênese masculina e feminina: ❙ Na ovogênese a meiose contêm-se em duas ocasiões esperando acontecimentos externos para prosseguir. Já na espermatogênese não existe a suspensão da meiose. ❙ A espermatogênese é um processo contínuo, enquanto que a ovogênese pode completar exclusivamente um óvulo em cada ciclo estral; já que só pode ser completada por mais de um nas espécies que ovulam vários ovócitos no caso das porcas, cadelas, gatas etc. ❙ Na espermatogênese existem células de reserva que permitem a continuação du-rante toda a vida, enquanto que na ovogênese o número de ovócitos primários é limitado. A fêmea somente conta com os que nasceu, e eles não se dividem. ❙ Na espermatogênese obtém-se até 256 espermatozoides para cada espermatogo-nia que inicia o processo, enquanto que na ovogênese somente se obtém um óvulo a partir de cada ovócito primário. ❙ Durante a espermatogênese se produz uma metamorfose que transforma as es-permátides em espermatozoides. Na ovogênese não ocorre um processo análogo. ❙ Na espermatogênese, durante a meiose produzem-se quatro espermátides a partir de cada espermatócito primário. Na ovogênese se produz somente um óvulo a partir de cada ovócito primário; produz, ademais, dois corpos polares. ❙ Todos os óvulos que se produzem durante a ovogênese contém um cromossomo X, enquanto que a metade dos espermatozoides possuem um cromossomo Y e a outra metade um cromossomo X. ❙ Na espermatogênese produzem-se centenas ou dezenas de milhões de esperma-tozoides por dia, enquanto que na ovogênese se produz um ou alguns óvulos a cada ciclo estral. ❙ A espermatogênese produz gametas macroscópicos e com motilidade própria, enquanto que a ovogênese produz gametas grandes e imóveis. -/- REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS -/- ABDEL-RAOUF, Mohammed et al. The postnatal development of the reproductive organs in bullswith special reference to puberty.(Including growth of the hypophysis and the adrenals). Acta endocrinologica, n. Suppl No. 49, 1960. ADONA, Paulo Roberto et al. Ovogênese e foliculogênese em mamíferos. Journal of Health Sciences, v. 15, n. 3, 2013. AERTS, J. M. J.; BOLS, P. E. 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Some writers appear to believe that a theory of justice must somehow pick people up by the scruff of the neck and force them to behave justly, regardless of their beliefs or inclinations. This is an absurd demand... (B. Barry, Justice as Impartiality).

Ontologies are being used increasingly to promote the reusability of scientific information by allowing heterogeneous data to be integrated under a common, normalized representation. Definitions play a central role in the use of ontologies both by humans and by computers. Textual definitions allow ontologists and data curators to understand the intended meaning of ontology terms and to use these terms in a consistent fashion across contexts. Logical definitions allow machines to check the integrity of ontologies and reason over data annotated (...) with ontology terms to make inferences that promote knowledge discovery. Therefore, it is important not only to include in ontologies multiple types of definitions in both formal and in natural languages, but also to ensure that these definitions meet good quality standards so they are useful. While tools such as Protégé can assist in creating well-formed logical definitions, producing good definitions in a natural language is still to a large extent a matter of human ingenuity supported at best by just a small number of general principles. For lack of more precise guidelines, definition authors are often left to their own personal devices. This paper aims to fill this gap by providing the ontology community with a set of principles and conventions to assist in definition writing, editing, and validation, by drawing on existing definition writing principles and guidelines in lexicography, terminology, and logic. (shrink)

The last decade has witnessed the beginnings of a remarkable convergence of Husserlian phenonenology and analytic philosophy of language, and the present volumes provide original and important texts of the phenomenological philosophy of language. Powerfully influenced by the writings of the early Husserl, Reinach fashioned Husserl’s ideas into a rigorous analytical methodology of his own, which he applied in particular to problems in logic and the theory of knowledge, and to the philosophies of law and psychology. The central role of (...) the concept of state of affairs in Reinach’s philosophy will bring to mind immediately the formal ontology of Wittgenstein’s Tractatus. Reinach’s most significant contribution, however, is contained in his The a priori foundations of civil law (1913), above all in the detailed analysis of the a priori structure of the act of promising. This amounts to an elaborate phenomenological theory of speech acts which anticipates, and in some respects goes beyond, the later theories of Austin and Searle. The present edition is in two volumes. Volume 1, which includes a biographical and thematic introduction by the editors, contains critical editions of those pieces published by Reinach himself. Volume II is a collection of all those items in Reinach’s surviving Nachlass which are in publishable form, including a number of important pieces not hitherto obtainable on such themes as ethical predicates, speech acts (“soziale Akte”), perception and the theory of number, together with a comprehensive sketch of the problems in the theory of knowledge, logic and ethics. Appended to this is a text-critical apparatus which also contains extensive discussions of the origins and sources of the materials in question. (shrink)

Many existing biomedical vocabulary standards rest on incomplete, inconsistent or confused accounts of basic terms pertaining to diseases, diagnoses, and clinical phenotypes. Here we outline what we believe to be a logically and biologically coherent framework for the representation of such entities and of the relations between them. We defend a view of disease as involving in every case some physical basis within the organism that bears a disposition toward the execution of pathological processes. We present our view in the (...) form of a list of terms and definitions designed to provide a consistent starting point for the representation of both disease and diagnosis in information systems in the future. (shrink)

Definitions vary according to context of use and target audience. They must be made relevant for each context to fulfill their cognitive and linguistic goals. This involves adapting their logical structure, type of content, and form to each context of use. We examine from these perspectives the case of definitions in ontologies.

As I will use the term, an object is a mereological sum of some things just in case those things compose it simply in virtue of existing. In the first half of this paper, I argue that there are no sums. The key premise for this conclusion relies on a constraint on what, in certain cases, it takes for something to ground, or metaphysically explain, something else. In the second half, I argue that in light of my argument against sums, (...) Universalism, which is perhaps the most widely accepted answer to the Special Composition Question, is false. (shrink)

Crispin Wright hat die bislang beste Rekonstruktion von Putnams Beweis gegen die skeptische Hypothese vom Gehirn im Tank vorgelegt. Aber selbst in Wrights Fassung hat der Beweis einen Mangel: Er wird mithilfe eines Prädikates wie z.B. "Tiger" geführt und funktioniert nur, wenn man sich darauf verlassen kann, dass es Tiger wirklich gibt. Aber die Skeptikerin bestreitet, über die Existenz von Tigern bescheid zu wissen. Das Problem lässt sich dadurch beheben, dass man den Beweis – statt mit dem extensionalen Begriff der (...) Referenz (wie bei Wright) – mit Intensionen führt. Zudem sollte der Beweis transzendental laufen, also einzig und allein auf den sprachlichen Voraussetzungen beruhen, die auch die Skeptikerin zur Formulierung ihrer Tank-Hypothese benötigt. -/- The best reconstruction of Putnam's brain-in-a-vat argument is due to Crispin Wright. But even Wright's version of the argument is not convincing. It employs predicates such as 'tiger' and reaches the conclusion only if we can rely upon the existence of tigers; and the skeptic disputes our knowledge regarding tigers. The problem is not insuperable: The argument must be run, not with the extensionalistic notion of reference (as in Wright's version), but with intensions. Furthermore, the argument should have a transcendental form; it should exclusively rely on conditions that are needed by the skeptic for formulating her own position. (shrink)

This article offers a novel, conservative account of material constitution, one that incorporates sortal essentialism and features a theory of dominant sortals. It avoids coinciding objects, temporal parts, relativizations of identity, mereological essentialism, anti-essentialism, denials of the reality of the objects of our ordinary ontology, and other departures from the metaphysic implicit in ordinary ways of thinking. Defenses of the account against important objections are found in Burke 1997, 2003, and 2004, as well as in the often neglected six paragraphs (...) that conclude section V of this article. (shrink)

The National Center for Biomedical Ontology is a consortium that comprises leading informaticians, biologists, clinicians, and ontologists, funded by the National Institutes of Health (NIH) Roadmap, to develop innovative technology and methods that allow scientists to record, manage, and disseminate biomedical information and knowledge in machine-processable form. The goals of the Center are (1) to help unify the divergent and isolated efforts in ontology development by promoting high quality open-source, standards-based tools to create, manage, and use ontologies, (2) to create (...) new software tools so that scientists can use ontologies to annotate and analyze biomedical data, (3) to provide a national resource for the ongoing evaluation, integration, and evolution of biomedical ontologies and associated tools and theories in the context of driving biomedical projects (DBPs), and (4) to disseminate the tools and resources of the Center and to identify, evaluate, and communicate best practices of ontology development to the biomedical community. Through the research activities within the Center, collaborations with the DBPs, and interactions with the biomedical community, our goal is to help scientists to work more effectively in the e-science paradigm, enhancing experiment design, experiment execution, data analysis, information synthesis, hypothesis generation and testing, and understand human disease. (shrink)

To understand what ontologies do through their definitions, we propose a theoretical explanation of the functions of definitions in ontologies backed by empirical neuropsychological studies. Our goal is to show how these functions should motivate (i) the systematic inclusion of definitions in ontologies and (ii) the adaptation of definition content and form to the specific context of use of ontologies.

The appearance of negative terms in quasiprobability representations of quantum theory is known to be inevitable, and, due to its equivalence with the onset of contextuality, of central interest in quantum computation and information. Until recently, however, nothing has been known about how much negativity is necessary in a quasiprobability representation. Zhu :120404, 2016) proved that the upper and lower bounds with respect to one type of negativity measure are saturated by quasiprobability representations which are in one-to-one correspondence with the (...) elusive symmetric informationally complete quantum measurements. We define a family of negativity measures which includes Zhu’s as a special case and consider another member of the family which we call “sum negativity.” We prove a sufficient condition for local maxima in sum negativity and find exact global maxima in dimensions 3 and 4. Notably, we find that Zhu’s result on the SICs does not generally extend to sum negativity, although the analogous result does hold in dimension 4. Finally, the Hoggar lines in dimension 8 make an appearance in a conjecture on sum negativity. (shrink)

Dion is a full-bodied man. Theon is that part of him which consists of all of him except his left foot. What becomes of Dion and Theon when Dion’s left foot is amputated? Employing the doctrine of sortal essentialism, I defend a surprising answer last defended by Chrysippus: that Dion survives while the seemingly unscathed Theon perishes. For replies to critics, see my publications of 1997 and (especially) 2003.

The Protein Ontology (PRO) provides a formal, logically-based classification of specific protein classes including structured representations of protein isoforms, variants and modified forms. Initially focused on proteins found in human, mouse and Escherichia coli, PRO now includes representations of protein complexes. The PRO Consortium works in concert with the developers of other biomedical ontologies and protein knowledge bases to provide the ability to formally organize and integrate representations of precise protein forms so as to enhance accessibility to results of protein (...) research. PRO (http://pir.georgetown.edu/pro) is part of the Open Biomedical Ontologies (OBO) Foundry. (shrink)

The collaboration of Language and Computing nv (L&C) and the Institute for Formal Ontology and Medical Information Science (IFOMIS) is guided by the hypothesis that quality constraints on ontologies for software ap-plication purposes closely parallel the constraints salient to the design of sound philosophical theories. The extent of this parallel has been poorly appreciated in the informatics community, and it turns out that importing the benefits of phi-losophical insight and methodology into application domains yields a variety of improvements. L&C’s LinKBase® (...) is one of the world’s largest medical domain ontologies. Its current primary use pertains to natural language processing ap-plications, but it also supports intelligent navigation through a range of struc-tured medical and bioinformatics information resources, such as SNOMED-CT, Swiss-Prot, and the Gene Ontology (GO). In this report we discuss how and why philosophical methods improve both the internal coherence of LinKBase®, and its capacity to serve as a translation hub, improving the interoperability of the ontologies through which it navigates. (shrink)

The desideratum of semantic interoperability has been intensively discussed in medical informatics circles in recent years. Originally, experts assumed that this issue could be sufficiently addressed by insisting simply on the application of shared clinical terminologies or clinical information models. However, the use of the term ‘ontology’ has been steadily increasing more recently. We discuss criteria for distinguishing clinical ontologies from clinical terminologies and information models. Then, we briefly present the role clinical ontologies play in two multicentric research projects. Finally, (...) we discuss the interactions between these different kinds of knowledge representation artifacts and the stakeholders involved in developing interoperational real-world clinical applications. We provide ontology engineering examples from two EU-funded projects. (shrink)

Aims: The Research Diagnostic Criteria for Temporomandi¬bular Disorders (RDC/TMD) Axis I diagnostic algorithms were demonstrated to be reliable but below target sensitivity and specificity. Empirical data supported Axis I algorithm revisions that were valid. Axis II instruments were shown to be both reliable and valid. An international consensus workshop was convened to obtain recommendations and finalization of new Axis I diagnostic algorithms and new Axis II instruments. Methods: A comprehensive search of published TMD diagnostic literature was followed by review and (...) consensus via a formal structured process by a panel of experts for revision of the RDC/TMD. Results: The recommended Diagnostic Criteria for TMD (DC/TMD) Axis I protocol includes both a valid screener for pain diagnoses and valid criteria for the most common pain-related TMDs and for one intra-articular disorder. The Axis II protocol retains selected RDC/TMD screening instruments augmented with new instruments to better assess the interactions between pain and psychosocial functioning. A comprehensive classification system is also presented. Conclusion: The recommended evidence-based DC/TMD protocol is appropriate for use in both the clinical and research settings. Simple Axis I and II screening tests augmented by validated Axis I and Axis II instruments allow for identification of simple to complex TMD patients. (shrink)

A medical intervention is a medical procedure or application intended to relieve or prevent illness or injury. Examples of medical interventions include vaccination and drug administration. After a medical intervention, adverse events (AEs) may occur which lie outside the intended consequences of the intervention. The representation and analysis of AEs are critical to the improvement of public health. Description: The Ontology of Adverse Events (OAE), previously named Adverse Event Ontology (AEO), is a community-driven ontology developed to standardize and integrate data (...) relating to AEs arising subsequent to medical interventions, as well as to support computer-assisted reasoning. OAE has over 3,000 terms with unique identifiers, including terms imported from existing ontologies and more than 1,800 OAE-specific terms. In OAE, the term ‘adverse event’ denotes a pathological bodily process in a patient that occurs after a medical intervention. Causal adverse events are defined by OAE as those events that are causal consequences of a medical intervention. OAE represents various adverse events based on patient anatomic regions and clinical outcomes, including symptoms, signs, and abnormal processes. OAE has been used in the analysis of several different sorts of vaccine and drug adverse event data. (shrink)

According to the PubMed resource from the U.S. National Library of Medicine, over 750,000 scientific articles have been published in the ~5000 biomedical journals worldwide in the year 2007 alone. The vast majority of these publications include results from hypothesis-driven experimentation in overlapping biomedical research domains. Unfortunately, the sheer volume of information being generated by the biomedical research enterprise has made it virtually impossible for investigators to stay aware of the latest findings in their domain of interest, let alone to (...) be able to assimilate and mine data from related investigations for purposes of meta-analysis. While computers have the potential for assisting investigators in the extraction, management and analysis of these data, information contained in the traditional journal publication is still largely unstructured, free-text descriptions of study design, experimental application and results interpretation, making it difficult for computers to gain access to the content of what is being conveyed without significant manual intervention. In order to circumvent these roadblocks and make the most of the output from the biomedical research enterprise, a variety of related standards in knowledge representation are being developed, proposed and adopted in the biomedical community. In this chapter, we will explore the current status of efforts to develop minimum information standards for the representation of a biomedical experiment, ontologies composed of shared vocabularies assembled into subsumption hierarchical structures, and extensible relational data models that link the information components together in a machine-readable and human-useable framework for data mining purposes. (shrink)

Propomos uma tipologia dos artefatos de representação para as áreas de saúde e ciências biológicas, e a associação dessa tipologia com diferentes tipos de ontologia formal e lógica, chegando a conclusões quanto aos pontos fortes e limitações da ontologia de diferentes tipos de recursos lógicos, enquanto mantemos o foco na lógica descritiva. Consideramos quatro tipos de representação de área: (i) representação léxico-semântica, (ii) representação de tipos de entidades, (iii) representação de conhecimento prévio, e (iv) representação de indivíduos. Defendemos uma clara (...) distinção entre os quatro tipos de representação, de forma a oferecer uma base mais racional para o uso das ontologias e artefatos relacionados no avanço da integração de dados e interoperabilidade de sistemas de raciocínio associados. Destacamos que apenas uma pequena porção de fatos cientificamente relevantes em áreas como a biomedicina pode ser adequadamente representada por ontologias formais, quando estas últimas são concebidas como representações de tipos de entidades. Particularmente, a tentativa de codificar conhecimento padrão ou probabilístico pela utilização de ontologias assim concebidas é fadada à produção de modelos não intencionais e errôneos. (shrink)

The emphasis on evidence based medicine (EBM) has placed increased focus on finding timely answers to clinical questions in presence of patients. Using a combination of natural language processing for the generation of clinical excerpts and information theoretic distance based clustering, we evaluated multiple approaches for the efficient presentation of context-sensitive EBM excerpts.

The study of biodiversity spans many disciplines and includes data pertaining to species distributions and abundances, genetic sequences, trait measurements, and ecological niches, complemented by information on collection and measurement protocols. A review of the current landscape of metadata standards and ontologies in biodiversity science suggests that existing standards such as the Darwin Core terminology are inadequate for describing biodiversity data in a semantically meaningful and computationally useful way. Existing ontologies, such as the Gene Ontology and others in the Open (...) Biological and Biomedical Ontologies (OBO) Foundry library, provide a semantic structure but lack many of the necessary terms to describe biodiversity data in all its dimensions. In this paper, we describe the motivation for and ongoing development of a new Biological Collections Ontology, the Environment Ontology, and the Population and Community Ontology. These ontologies share the aim of improving data aggregation and integration across the biodiversity domain and can be used to describe physical samples and sampling processes (for example, collection, extraction, and preservation techniques), as well as biodiversity observations that involve no physical sampling. Together they encompass studies of: 1) individual organisms, including voucher specimens from ecological studies and museum specimens, 2) bulk or environmental samples (e.g., gut contents, soil, water) that include DNA, other molecules, and potentially many organisms, especially microbes, and 3) survey-based ecological observations. We discuss how these ontologies can be applied to biodiversity use cases that span genetic, organismal, and ecosystem levels of organization. We argue that if adopted as a standard and rigorously applied and enriched by the biodiversity community, these ontologies would significantly reduce barriers to data discovery, integration, and exchange among biodiversity resources and researchers. (shrink)

The Plant Ontology (PO; http://www.plantontology.org/) is a publicly-available, collaborative effort to develop and maintain a controlled, structured vocabulary (“ontology”) of terms to describe plant anatomy, morphology and the stages of plant development. The goals of the PO are to link (annotate) gene expression and phenotype data to plant structures and stages of plant development, using the data model adopted by the Gene Ontology. From its original design covering only rice, maize and Arabidopsis, the scope of the PO has been expanded (...) to include all green plants. The PO was the first multi-species anatomy ontology developed for the annotation of genes and phenotypes. Also, to our knowledge, it was one of the first biological ontologies that provides translations (via synonyms) in non-English languages such as Japanese and Spanish. There are about 2.2 million annotations linking PO terms to over 110,000 unique data objects representing genes or gene models, proteins, RNAs, germplasm and Quantitative Traits Loci (QTLs) from 22 plant species. In this paper, we focus on the plant anatomical entity branch of the PO, describing the organizing principles, resources available to users, and examples of how the PO is integrated into other plant genomics databases and web portals. We also provide two examples of comparative analyses, demonstrating how the ontology structure and PO-annotated data can be used to discover the patterns of expression of the LEAFY (LFY) and terpene synthase (TPS) gene homologs. (shrink)

Mitochondrial DNA (mtDNA) diseases are a group of neuromuscular diseases that often cause suffering and premature death. New mitochondrial replacement techniques (MRTs) may offer women with mtDNA diseases the opportunity to have healthy offspring to whom they are genetically related. MRTs will likely be ready to license for clinical use in the near future and a discussion of the ethics of the clinical introduction ofMRTs is needed. This paper begins by evaluating three concerns about the safety of MRTs for clinical (...) use on humans: (1) Is it ethical to use MRTs if safe alternatives exist? (2) Would persons with three genetic contributors be at risk of suffering? and (3) Can society trust that MRTs will be made available for humans only once adequate safety testing has taken place, and that MRTs will only be licensed for clinical use in a way that minimises risks? It is then argued that the ethics debate about MRTs should be reoriented towards recommendingways to reduce the possible risks of MRT use on humans. Two recommendations are made: (1) licensed clinical access to MRTs should only be granted to prospective parents if they intend to tell their children about their MRT conception by adulthood; and (2) sex selection should be used in conjunction with the clinical use ofMRTs, in order to reduce transgenerational health risks. (shrink)

Disputes over territory are a major contributing factor to the disruption of international relations. We believe that a cumulative, integrated, and continuously updated resource providing information about such disputes in an easily accessible form would be of benefit to intelligence analysts, military strategists, political scientists, and also to historians and others concerned with international disputes. We propose an ontology-based strategy for creating such a resource. The resource will contain information about territorial disputes, arguments for and against claims pertaining to sovereignty, (...) proffered evidence for such claims, political and military motives (overt or hidden), and associated conflicts. Our approach is designed to address several issues surrounding the representation of geopolitical conflict, including the tracking and individuation of disputes and the validation of disseminated information. (shrink)

Autobiography of Barry Smith; emphasizes the role of Dummett and Husserl, Austrian philosophy and economics, and the Munich-Göttingen-Kraków school of realist phenomenology.

Can trust evolve on the Internet between virtual strangers? Recently, Pettit answered this question in the negative. Focusing on trust in the sense of ‘dynamic, interactive, and trusting’ reliance on other people, he distinguishes between two forms of trust: primary trust rests on the belief that the other is trustworthy, while the more subtle secondary kind of trust is premised on the belief that the other cherishes one’s esteem, and will, therefore, reply to an act of trust in kind (‘trust-responsiveness’). (...) Based on this theory Pettit argues that trust between virtual strangers is impossible: they lack all evidence about one another, which prevents the imputation of trustworthiness and renders the reliance on trust-responsiveness ridiculous. I argue that this argument is flawed, both empirically and theoretically. In several virtual communities amazing acts of trust between pure virtuals have been observed. I propose that these can be explained as follows. On the one hand, social cues, reputation, reliance on third parties, and participation in (quasi-) institutions allow imputing trustworthiness to varying degrees. On the other, precisely trust-responsiveness is also relied upon, as a necessary supplement to primary trust. In virtual markets, esteem as a fair trader is coveted while it contributes to building up one’s reputation. In task groups, a hyperactive style of action may be adopted which amounts to assuming (not: inferring) trust. Trustors expect that their virtual co-workers will reply in kind while such an approach is to be considered the most appropriate in cyberspace. In non-task groups, finally, members often display intimacies while they are confident someone else ‘out there’ will return them. This is facilitated by the one-to-many, asynchronous mode of communication within mailing lists. (shrink)

Maintaining systems of military plans is critical for military effectiveness, but is also challenging. Plans will become obsolete as the world diverges from the assumptions on which they rest. If too many ad hoc changes are made to intermeshed plans, the ensemble may no longer lead to well-synchronized and coordinated operations, resulting in the system of plans becoming itself incoherent. We describe in what follows an Adaptive Planning process that we are developing on behalf of the Air Force Research Laboratory (...) (Rome) with the goal of addressing problems of these sorts through cyclical collaborative plan review and maintenance. The interactions of world state, blue force status and associated plans are too complex for manual adaptive processes, and computer-aided plan review and maintenance is thus indispensable. We argue that appropriate semantic technology can 1) provide richer representation of plan-related data and semantics, 2) allow for flexible, non-disruptive, agile, scalable, and coordinated changes in plans, and 3) support more intelligent analytical querying of plan-related data. (shrink)

The National Center for Biomedical Ontology is now in its seventh year. The goals of this National Center for Biomedical Computing are to: create and maintain a repository of biomedical ontologies and terminologies; build tools and web services to enable the use of ontologies and terminologies in clinical and translational research; educate their trainees and the scientific community broadly about biomedical ontology and ontology-based technology and best practices; and collaborate with a variety of groups who develop and use ontologies and (...) terminologies in biomedicine. The centerpiece of the National Center for Biomedical Ontology is a web-based resource known as BioPortal. BioPortal makes available for research in computationally useful forms more than 270 of the world's biomedical ontologies and terminologies, and supports a wide range of web services that enable investigators to use the ontologies to annotate and retrieve data, to generate value sets and special-purpose lexicons, and to perform advanced analytics on a wide range of biomedical data. (shrink)

This paper provides an axiomatic formalization of a theory of foundational relations between three categories of entities: individuals, universals, and collections. We deal with a variety of relations between entities in these categories, including the is-a relation among universals and the part-of relation among individuals as well as cross-category relations such as instance-of, member-of, and partition-of. We show that an adequate understanding of the formal properties of such relations – in particular their behavior with respect to time – is critical (...) for formal ontology. We provide examples to support this thesis from the domain of biomedicine. (shrink)

Bio-ontologies are essential tools for accessing and analyzing the rapidly growing pool of plant genomic and phenomic data. Ontologies provide structured vocabularies to support consistent aggregation of data and a semantic framework for automated analyses and reasoning. They are a key component of the Semantic Web. This paper provides background on what bio-ontologies are, why they are relevant to botany, and the principles of ontology development. It includes an overview of ontologies and related resources that are relevant to plant science, (...) with a detailed description of the Plant Ontology (PO). We discuss the challenges of building an ontology that covers all green plants (Viridiplantae). Key results: Ontologies can advance plant science in four keys areas: 1. comparative genetics, genomics, phenomics, and development, 2. taxonomy and systematics, 3. semantic applications and 4. education. Conclusions: Bio-ontologies offer a flexible framework for comparative plant biology, based on common botanical understanding. As genomic and phenomic data become available for more species, we anticipate that the annotation of data with ontology terms will become less centralized, while at the same time, the need for cross-species queries will become more common, causing more researchers in plant science to turn to ontologies. (shrink)

Recent years have seen rapid progress in the development of ontologies as semantic models intended to capture and represent aspects of the real world. There is, however, great variation in the quality of ontologies. If ontologies are to become progressively better in the future, more rigorously developed, and more appropriately compared, then a systematic discipline of ontology evaluation must be created to ensure quality of content and methodology. Systematic methods for ontology evaluation will take into account representation of individual ontologies, (...) performance (in terms of accuracy, domain coverage and the efficiency and quality of automated reasoning using the ontologies) on tasks for which the ontology is designed and used, degree of alignment with other ontologies and their compatibility with automated reasoning. A sound and systematic approach to ontology evaluation is required to transform ontology engineering into a true scientific and engineering discipline. This chapter discusses issues and problems in ontology evaluation, describes some current strategies, and suggests some approaches that might be useful in the future. (shrink)

The goal of the 2010 Ontology Summit was to address the current shortage of persons with ontology expertise by developing a strategy for the education of ontologists. To achieve this goal we studied how ontologists are currently trained, the requirements identified by organizations that hire ontologists, and developments that might impact the training of ontologists in the future. We developed recommendations for the body of knowledge that should be taught and the skills that should be developed by future ontologists; these (...) recommendations are intended as guidelines for institutions and organizations that may consider establishing a program for training ontologists. Further, we recommend a number of specific actions for the community to pursue. (shrink)